1945、1946、1949年先后建立陆、海、空军。总统兼武装部队最高统帅。前总统苏哈托取消了三军司令，设立三军参谋长对三军实施领导和指挥。实行义务兵和志愿兵相结合的兵役制。年军费约33亿美元。

  总统通过国防安全部和武装部队司令部对全国武装力量实施领导和指挥。印尼武装力量是由正规军和准军事部队组成。

  陆军是印尼武装部队中成立最早、规模最大、最有权势的军种，目前总兵力约21.5万人。设有一个战略司令部和10个军区司令部。战略后备部队编有两个步兵师、3个步兵旅、3个空降兵旅、两个野战炮兵团、1个高炮团、两个工兵营；10个军区编有64个步兵营、8个骑兵营、8个野战炮兵营、8个高炮营、8个工兵营、1个混合航空兵中队、1个直升机中队、2个特战大队。从第一军区到第十军区的司令部驻地依次是：棉兰、巨港、万隆、三宝垄、泗水、马辰、乌戎潘当、查亚普拉、登巴萨、雅加达。陆军主要装备有各类坦克155辆，各类装甲车735辆，各种火炮1600门，轻型战斗机29架，直升机39架，登陆艇21艘，运输艇14艘。

  海军编为东西两个舰队司令部。目前总兵力约有4.4万人，其中有约1.2万人的陆战队和约千人的海军航空兵。印尼海军的舰艇之多在东南亚各国中名列前茅(虽然比较陈旧)，计有潜艇5艘，护卫舰33艘，坦克登陆舰21艘，扫雷艇11艘，巡逻艇48艘，大型运兵船20艘。还有各类飞机百余架。

  空军设有以乌戎潘当为中心的东部作战司令部和以雅加达为中心的西部作战司令部，目前总兵力约2.4万人。有3个战斗机中队，2个防暴机中队，1个海上侦察机中队，4个运输机中队，3个直升机中队，4个教练机中队。共有作战飞机81架，海上侦察机4架，空中加油机2架，运输机77架，直升机54架，教练机80架。

  准军事部队包括警察和民兵。警察部队属国防安全部队领导，人数保持在18万人左右，总部设在雅加达，设总长一人。印尼实行全民防卫的“防务与安全体系”，除了正规军外，还有民兵组织，民兵约30万人。强调军队的双重作用，既是防务和安全力量又是社会政治力量。